تتولى شعبة السجلات الامور الاساسية بعد عمليات الصرف والتي تعتني بامور التوثيق التبويب الصحيح وقد تعد من اهم الشعب للحفاظ على المال العام ومتابعة المتعلقات المالية التي قد تثبت ملاحظات الصرف والتخصيص والاستلام ومن وحداتها المهمة هي :-
1- وحدة الحفظ والسجلات : تعتبر هذه الشعبة من الشعب المهمة في قسم الشؤون المالية وان وظائف ومهام هذه الشعبة تتكون من عدة مراحل وهي تمثل بتلك الدورة المحاسبية التي تتم من خلال السجلات التالية.
أ- سجل اليومية العامة :هو سجل تسجل فيه العمليات والاحداث المالية التي تحدث في الوحدة الاقتصادية خلال فترة زمنية محددة بما فيها كل سندات الصرف والقيد.
ب- سجل الصندوق : ويشمل هذا السجل جميع عمليات القبض والايداع الخاصة بصندوق الموازنة الاعتيادية او ما يسمى بالموازنة التشغيلية.
2- وحدة السلف والامانات والدائنون : ومن اهم اعمال هذه الوحدة يمكن ان تندرج في الاعمال التالية والتي تعتبر من اساسيات عمل قسم المالية للسيطرة على الحسابات وقد تتمثل بمسك السجلات التالية
أ- سجل السلف : ويشمل هذا السجل على جميع السلف الشخصية وسلف اللجان التي تمنح استنادا الى الاوامر الجامعية الصادرة من الجهات المسؤولة العليا.
ب- سجل الامانات : ويشمل هذا السجل جميع المبالغ المستقطعة من الموظف لحين تسديدها الى الجهة المعنية ومنها امانات توقيفات تقاعدية وامانات الحشد والنازحين والتكافل واحتياطي الطوارئ وامانات اخرى متنوعة والتي تم استحصالها بموجب القوانين والتعليمات وتستقطع عن طريق قوائم الرواتب الشهرية الصادرة من الكليات ورئاسة الجامعة.
ت- سجل الدائنون : ويشمل هذا السجل على عدة انواع من الحسابات منها حساب المصرف العقاري وحساب امانات التنفيذ واستقطاع لحساب الغير ودائنو رواتب معادة ويتم استقطاعها استحصالها عن طريق قوائم الرواتب المقدمة من الكليات ورئاسة الجامعة وبعد عملية الترحيل هذه يتم تجميع الحسابات وترصيدها وتتم بعدها عملية اعداد موازين المرجعة بعد نهاية كل فترة مالية .وبعد انتهاء السنة المالية يتم اجراء الحسابات الختامية حيث لا توجد حركة مصرفية فقط تتم عملية تسوية الحسابات .ومن ثم ترحيل الحسابات الى سجل توحيد الحسابات .
ث- سجل التوحيد : وهو السجل الذي يحتوي على ارصدة الحسابات الخاصة بالدائرة منذ نشأتها الى الوقت المعني .